De basis van het Eindexamenbesluit VO is gelegd in 1989. Sindsdien zijn er vele wijzigingen doorgevoerd. Hieronder worden de meeste recente op een rij gezet.
Met ingang van 1 augustus 2013 is het wijzigingsbesluit van 23 april 2012 van kracht geworden waarmee volgens artikel II het Eindexamenbesluit VO werd aangepast in verband met onder meer de invoering van de rekentoets als onderdeel van het eindexamen vo. De bepalingen omtrent de uitslag van het examen (vmbo artikel 49, havo-vwo artikel 50 van het Eindexamenbesluit VO) werden zodanig aangepast dat het cijfer van de rekentoets daarin werd opgenomen.
In november 2015 is het wijzigingsbesluit gepubliceerd, waarin werd geregeld dat de rekentoets alleen op vwo in 2015-2016 mee zou tellen in de uitslagbepaling (Staatsblad 424 van november 2015). Er is toen voor gekozen om de artikelen waarin de uitslagbepaling vastlag (de artikelen 49 en 50) niet te wijzigen, maar het voorlopig niet meetellen van de rekentoets te regelen in aparte overgangsartikelen, namelijk in de artikelen 61 t/m 65b.
Concreet betekende dit dat het cijfer van de rekentoets in 2015-2016 niet meetelde voor de uitslagbepaling op vmbo en havo (artikel 61 en 63). Ook in 2016-2017 was dat het geval. Wel moet de rekentoets gemaakt zijn. Voor de vmbo-bb-leerlingen gold en geldt nog steeds dat zij een bijlage bij de cijferlijst ontvangen, waarop het cijfer voor de rekentoets staat (artikel 62). Voor de andere vmbo-leerlingen en havo-leerlingen geldt dat het behaalde cijfer voor de rekentoets op de cijferlijst bij het diploma wordt vermeld (artikel 52, lid 1). Op vwo telde het cijfer voor de rekentoets wel mee bij de uitslagbepaling in 2015-2016. Hiervoor moest minimaal een 5 worden behaald (artikel 65).
Omdat de vwo-ers in 2016 de rekentoets goed hadden gemaakt, is er geen gebruik gemaakt van het vangnet (zie artikel 65a). Daarom gold voor 2016-2017 dat de rekentoets voor vwo in de kernvakkenregeling viel.
In artikel 65b was geregeld dat in een Koninklijk Besluit zou worden bepaald wanneer de artikelen met het overgangsrecht zouden vervallen.
In augustus 2015 is een andere wijziging doorgevoerd, waarmee o.a. de mogelijkheid werd geopend om Cum Laude te slagen. Dit is geregeld in artikel 52a.
Op 1 augustus 2016 is het Eindexamenbesluit VO gewijzigd in verband met de invoering van de profielen in het vmbo. Dit betreft met name wijzigingen in de uitslagbepaling. Effectief zijn deze pas van kracht in schooljaar 2017-2018, omdat dan de scholen die de profielen hebben ingevoerd in 2016-2017 volgens de profielen zullen examineren en diplomeren. Voor de pilotscholen geldt echter, dat deze al in 2016-2017 volgens de profielen examineren en diplomeren, althans voor de profielen waarvoor ze betrokken zijn in de pilot.
Voor 2016-2017 gelden voor het merendeel van de scholen nog de uitslagbepaling zoals die gold voor 31 juli 2016.